ภาควิชากายภาพบำบัด คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้รับการจัดตั้งขึ้นเมื่อ 3 มีนาคม 2558
ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ 362 (9/2557) เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม 2557
สาขาวิชากายภาพบำบัด ได้จัดตั้งขึ้นในภาควิชาศัลยศาสตร์ออร์โธปิดิกส์และกายภาพบำบัด คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เพื่อจัดการเรียนการสอนสาขาวิชากายภาพบำบัด ตั้งแต่ในปีการศึกษา 2549 เป็นต้นมาซึ่งการจัดการเรียนการสอน การวิจัย รวมทั้งการให้บริการด้านวิชาการ ดำเนินการวางแผนและปฏิบัติโดยอาจารย์สาขาวิชากายภาพบำบัด ภายใต้การดูแลและให้คำแนะนำและสนับสนุนของคณะแพทยศาสตร์
การจัดทำหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชากายภาพบำบัด เป็นการดำเนินการตามพันธกิจของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในการผลิตบุคลากรทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพที่มีคุณภาพและคุณธรรม ให้มีจำนวนที่เหมาะสมและพอเพียง สอดคล้องกับความต้องการของสังคม
การดำเนินการของหลักสูตรฯ ได้ใช้สถานที่และทรัพยากรของโรงพยาบาลสงขลานครินทร์ และคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในการจัดการเรียนการสอนทั้งภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติ